感染性疾病检测现状

• 传统检测方法
  • 培养：耗时长、阳性检出率低
  • 免疫学方法：检测速度快、准确度待提升
  • PCR技术：特异度和敏感度高、检测覆盖病原体有限
  • Sanger测序技术：通量小、速度慢、成本高
• 高通量测序技术
  • mNGS：检测优势明显、受成本和宿主核酸干扰
  • tNGS：高效经济准确、病原谱外微生物有局限

临床适应证

• 疑似下呼吸道感染非重症患者
  • 传统检测未明确病原体
  • 经验性治疗效果不佳
  • 高危人群（儿童、老人等）
• 疑似中枢神经系统感染非重症患者
  • 经验性治疗效果不佳
  • 传统检测阴性
  • 新生儿
• 疑似血流感染非重症患者
  • 传统检测阴性
  • 经验性治疗效果不佳
  • 高危人群（儿童、孕妇等）
• 疑似泌尿系统、脊柱关节感染患者
  • 传统检测阴性
  • 经验性治疗效果不佳
• 结核分枝杆菌耐药检测
• 优先考虑mNGS送检情况
  • 危重症且病因不明
  • 免疫缺陷或抑制且病因不明
  • 社区聚集疑似新发病原体暴发
• tNGS检测结果判读
  • 结合病情、标本和检测结果
  • 必要时多学科会诊

tNGS样本采集、保存及运输

• 样本类型
  • 支气管肺泡灌洗液
  • 痰液
  • 咽拭子
  • 血浆
  • 静脉血
  • 脑脊液
  • 其他体液
  • 新鲜组织样本
• 取样量建议
• 采样管
• 储存条件
• 运输条件
• 注意事项

tNGS的实验流程建议

• 样本采集与处理
  • 治疗前采集感染部位样本
  • 建立样本前处理流程、保障生物安全
• 核酸提取
  • 针对不同样本和病原体建流程
  • 设阴性和阳性对照

tNGS技术选择

• 基于探针捕获技术的tNGS
  • 原理
  • 适用范围
  • 局限性
• 基于多重PCR技术的tNGS
  • 原理
  • 适用范围
  • 局限性
• 选择建议

tNGS质量控制

• 降低污染风险
  • 污染来源
  • 去污染方案
    • 控制批次内交叉污染
    • 控制批次间污染
• 核酸提取流程验证
• 测序原始数据质量控制
• 下机数据量及质量要求
• 阳性阈值设定
• 参考样品性能确认
• 本地化检测

tNGS报告解读

• 报告内容
  • 基本信息
  • 检测方法
  • 检测范围
  • 检测结果及解释
  • 质量控制措施
  • 专业报告格式
  • 结论和建议
  • 报告解释权和联系方式
  • 参考文献
• 常用术语解释
  • 检出序列数
  • 引物
  • 库
  • 质控
  • 阴性对照
  • 内参
  • 严格比对序列数
  • Q30
• 结果判读
  • 建立背景微生物数据库
  • 全面质控
  • 阳性判定
  • 低序列数病原体判断
  • 阴性结果判断
  • 耐药基因/毒力因子鉴定

tNGS总结与展望

• 优势
  • 精准识别病原体
  • 检测耐药基因
• 挑战
  • 耐药基因与表型不一致
  • 长读长测序成本高
• 未来发展
  • 成为常规临床诊断工具
  • 普及应用
  • 推动精准医疗和全球健康管理进步